1892年より大阪で手広く営業していた福音社という書籍取次会社が、1925年にその出版部門として創元社を設立。以後創元社は、ノーベル賞を受賞した川端康成『雪國』、谷崎潤一郎『春琴抄』などの文芸書の刊行を中心に出版活動をつづけていました。

　創元社は東京に販売業務専門の支店をもっており、やがてその支店は企画出版部門を設けて独自に新刊を刊行するようになりました。

　太平洋戦争終戦後の1948年、東京支店は大阪の本社と同じ創元社という名前で独立し、別会社として出版活動を開始し、夏目漱石ほかの〈作品集〉や〈世界少年少女文学全集〉〈現代随想全集〉などを刊行しました。

　1954年7月に改組して東京創元社となり、1959年4月には日本で初めてのミステリ専門文庫である〈創元推理文庫〉を創刊。文庫ではその後、ミステリ以外にも、1963年にＳＦ、1969年にホラー、ファンタジー、さらに一般文芸と、対象とするジャンルの幅を拡大し、現在では〈創元推理文庫〉〈創元ＳＦ文庫〉をはじめ〈創元ライブラリ〉〈創元文芸文庫〉など複数種類の文庫を刊行しています。

　単行本では、〈現代社会科学叢書〉などの教養書や『新編 日本史辞典』などの歴史辞典、〈ポオ全集〉などの個人全集や〈名作歌舞伎全集〉などの人文書を刊行してきたほか、現在は囲碁専門の〈碁楽選書〉レーベルを刊行しています。

　翻訳文学では〈海外文学セレクション〉のレーベルを持ち、幅広い出版をめざしています。

　専門分野のミステリでは、国内作家の作品を収録する〈創元クライム・クラブ〉〈ミステリ・フロンティア〉、またＳＦでは〈創元日本ＳＦ叢書〉〈創元海外ＳＦ叢書〉といったレーベルが常に注目を集めています。

　1990年からは有望な推理小説作家の発掘を目的に〈鮎川哲也賞〉を創設。

　2003年にはミステリ専門誌『ミステリーズ！』を創刊、隔月刊行しており、この雑誌を舞台に2004年から〈ミステリーズ！新人賞〉を創設しました。

　2010年には〈創元ＳＦ短編賞〉を創設し、新しい人材の発掘をめざしています。